La Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, aprobada por el Congreso de la Unión en 1987, estableció líneas generales para lograr la coordinación interinstitucional de los tres ámbitos de gobierno en materia ecológica.
En este sentido, en el Estado de México fue necesario crear un organismo público para lograr la coordinación de los esfuerzos de la Administración Pública Estatal y Federal, orientados a la solución de los problemas ambientales a través de la concertación de acciones con los sectores social y privado. De esta manera, el 18 de febrero de 1988, mediante Acuerdo del Ejecutivo, se creó la Comisión Estatal de Ecología, como un órgano desconcentrado dependiente del Poder Ejecutivo.
En el año 1991, la Legislatura Local aprobó la Ley de Protección al Ambiente para el Desarrollo Sustentable del Estado de México, con el objeto de establecer las normas de protección y restauración del ambiente, así como la conservación y aprovechamiento racional de los recursos naturales, esta Ley dispuso en su artículo 8°, que la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México determinaría el órgano a través del cual el Ejecutivo Estatal ejercería las atribuciones de ese ordenamiento.
Con la finalidad de fortalecer al subsector ecología, que en ese momento estaba adscrito a la Secretaría de Desarrollo Urbano y Obras Públicas, el 24 de diciembre de 1991 se creó la Secretaría de Ecología, dependencia encargada de la formulación, ejecución y evaluación de la política estatal en materia ambiental.
A partir de 1995, la Secretaría de Ecología ha sido sujeta a diversos procesos de reestructuración, entre los que destaca el realizado en el año 2000, derivado del cual se reorientaron las funciones de las unidades administrativas sustantivas y se fortaleció la desconcentración territorial de esta dependencia. Posteriormente, en el año 2001 destacó la creación de la Subsecretaría de Prevención y Control de la Contaminación, con la finalidad de agrupar bajo una sola línea de mando, funciones afines y complementarias.
En mayo de 2004 nuevamente se modifica la estructura de organización de esta dependencia, derivado de la revisión de sus programas, lo que permitió contar con una estructura de organización con instancias de decisión más cercanas a los niveles operativos.
Sin embargo, el término Ecología, únicamente se refiere al estudio de la relación entre los organismos y su medio ambiente físico y biológico. EL medio ambiente físico incluye luz y el calor o radiación solar, la humedad, el viento, el oxígeno, el dióxido de carbono y los nutrientes del suelo, del agua y la atmósfera. El medio ambiente biológico está formado por los organismos vivos, principalmente plantas y animales. Y la Ecología sólo contribuye al estudio y la comprensión de los problemas del Medio Ambiente.
Se presento una iniciativa el 22 de agosto de 2005 que cambiaría la denominación de la Secretaría de Ecología por Secretaría del Medio Ambiente, pues el Medio Ambiente se relaciona con el impacto del hombre en el medio físico y biológico, así como las interacciones entre éstos, atendiendo y previniendo situaciones provocadas por impactos naturales y humanos en el medio natural, dando con ello congruencia a la legislación estatal con la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos y la Ley General del Equilibrio Ecológico y Protección al Ambiente.
